Сибсы в генетике что такое

Сибсы в генетике что такое

Один из типов непараметрического анализа — метод больных сибсов. При этом анализируют сибсов, конкордатных по болезни, тем самым устраняя проблему определения непенетрантного носительства патологических аллелей. Нет необходимости делать предположения о количестве локусов, участвующих в развитии признака или типе его наследования.

Взамен сибсов анализируют, чтобы определить, имеются ли в пораженных парах сибсов аллели, встречающиеся чаще, чем ожидаемые 50%. При использовании метода больных сибсов их ДНК систематически анализируют с использованием сотен полиморфных маркеров для всего генома (так называемое геномное сканирование) для поиска регионов, которые встречаются у сибсов значительно чаще, чем ожидается.

Когда обнаруживается повышенная частота сцепления с полиморфным маркером, предполагают, что локус, участвующий в развитии болезни, расположен близко к этому маркеру. Случайно ли отклоняется степень сцепления аллелей от ожидаемых 50%, можно оценить с помощью отношения шансов в форме максимального правдоподобия, рассчитав NPL-оценку повышения сцепления аллелей, подобно тому, как модельный анализ сцепления использует LOD-оценку частоты рекомбинации между двумя локусами, если она менее 50%.

Чем больше анализируется полиморфных локусов в геноме при повышенной частоте общих аллелей, тем более вероятно, что какой-то локус чисто случайно окажется похожим на значимо повышенное сцепление аллелей. Чтобы понять, почему так происходит, рассмотрим пример с подбрасыванием монеты.

Маловероятно, чтобы единственный эксперимент из пяти попыток дал пять выпадений орла, но такое весьма вероятно, если эксперимент повторять сотни раз. При типичном геномном сканировании с использованием около 400 маркеров непараметрические пороги оценки LOD для определения значимости повышенной частоты общих аллелей предполагают уменьшение риска неправильно определенной значимости за счет случайных отклонений от ожидаемых уровней.

При этой установке оценка LOD больше, чем приблизительно 3,6, вероятность случайного совпадения аллелей в локусе будет менее чем 1 из 20; оценка LOD больше, чем 5,4 — менее чем в 1из 1000 исследований.

Хотя метод больных сибсов не требует каких-либо, возможно ошибочных, предположений о числе задействованных локусов и взаимодействии в них аллелей, это достигается ценой низкой чувствительности и точности метода. Низкая чувствительность проявляется в том, что необходимо множество пар сибсов для обнаружения значимого отклонения от ожидаемой частоты в 50%. Предположим, аллель в локусе болезни имеет частоту 10% в популяции и увеличивает риск болезни в 4 раза у гетерозигот и в 16 раз у гомозигот.

В этой ситуации при наилучших обстоятельствах, чтобы обнаружить повышение частоты общих аллелей примерно на 60%, потребуется 185 пар сибсов. Если локус сравнительно редкий или вызывает значительно меньшее увеличение риска болезни, чем 4-х кратное у гетерозигот, повышение частоты общих аллелей будет пропорционально меньше. В этом случае для обнаружения локуса потребуется значительно больше пар сибсов, тысячи или десятки тысяч.

Таким образом, фактически, метод больных сибсов вряд ли применим для идентификации локусов с небольшим числом редких аллелей или аллелем, делающим только незначительный вклад в развитие болезни.

Кроме этого, метод отличается низкой точностью. Поскольку не предполагается, что задействован единственный ген или конкретный тип наследования, невозможно точно определить факт рекомбинации между локусом-кандидатом и фенотипом болезни. При модельном методе анализа сцепления для точного картирования моногенной болезни используют ближайшие маркеры с любой стороны гена болезни, рекомбинирующие с геном болезни, по крайней мере, один раз, определяя тем самым границы узкого критического интервала, в котором должен находиться ген болезни.

В противоположность свободные от модели методы могут идентифицировать только широкие регионы повышения частоты общих аллелей, а не узкий критический регион, ограничивающий позицию гена, способствующего появлению сложного признака. Тем не менее после использования непараметрического метода анализа сцепления для выделения областей интереса поиск вариантов в данных областях, находящихся в неравновесном сцеплении с геном болезни, может быть использован эффективно. Комбинированный подход имел определенный успех в обнаружении аллелей при таких комплексных болезнях, как воспалительная болезнь кишечника и возрастная дегенерация макулы (ВМД).

Непараметрический анализ сцепления количественных признаков

Методы анализа сцепления без модели, основанные на общих аллелях, также могут использоваться для поиска локусов, задействованных в формировании количественных многофакторных признаков. Хотя доступно множество методов, один интересный пример — метод высокодискордантных пар сибсов. Здесь также нет необходимости делать предположения о количестве локусов или типе наследования.

Выбирают пары сибсов с величинами физиологического показателя, находящимися в противоположных концах нормальной кривой распределения и считают их рассогласованными по данному количественному признаку. Можно считать весьма маловероятным наличие общих аллелей в локусах, содействующих развитию признака.

Затем ДНК дискордантных сибсов подвергают систематическому анализу с использованием полиморфных маркеров по всему геному для поиска регионов, которые реже встречаются у сибсов по сравнению с ожидаемым случайным распределением. Если обнаруживается снижение числа общих аллелей полиморфного маркера, это указывает, что маркер связан с локусом, аллели которого содействуют изучаемому физиологическому показателю.

Редактор: Искандер Милевски. Дата обновления публикации: 18.3.2021

Источник

Сибсы

Сибсы

Сибсы (сиблинги) (англ. sibs, siblings — брат или сестра) — генетический термин, обозначающий потомков одних родителей. Родные братья и сёстры, но не близнецы. У животных — потомки одних и тех же родителей от разных помётов.

Частота появления какого-либо наследственного признака (в том числе наследственного заболевания) среди сибсов позволяет судить о характере наследования данного признака и прогнозировать вероятность его проявления у других потомков от данного брака (или от скрещивания у животных). Термин употребляется, главным образом, в генетике человека и генетике животных.

См. также

Смотреть что такое «Сибсы» в других словарях:

СИБСЫ — (англ. sibs) потомки одних родителей, родные братья и сестры. Термин используется в генетике человека и животных … Большой Энциклопедический словарь

СИБСЫ — (от англ. sib, мн. ч. sibs родня, родственники), потомки одной пары родителей у животных, родные братья и сестры. Анализ признаков у С. имеет важное значение при т. н. сибселекции. Напр., при отборе у кур на яйценоскость в качестве производителей … Биологический энциклопедический словарь

СИБСЫ — см. Психогенетика. Большой психологический словарь. М.: Прайм ЕВРОЗНАК. Под ред. Б.Г. Мещерякова, акад. В.П. Зинченко. 2003 … Большая психологическая энциклопедия

Сибсы — * сібсы * sibs or siblings потомки одних и тех же родителей, происходящие из разных зигот (братья и сестры) или из одной (однояйцовые близнецы). Полусибсы особи, у которых общим является только один из родителей. Скрещивание С. между собой… … Генетика. Энциклопедический словарь

сибсы — (англ. sibs), потомки одних родителей, родные братья и сёстры. Термин используется в генетике человека и животных. * * * СИБСЫ СИБСЫ (англ. sibs), потомки одних родителей, родные братья и сестры. Термин используется в генетике человека и животных … Энциклопедический словарь

сибсы — sibsai statusas Aprobuotas sritis veislininkystė apibrėžtis Tų pačių tėvų, bet ne tos pačios vados palikuoniai. atitikmenys: angl. sibs vok. Sibs rus. сибсы pranc. sibs šaltinis Valstybinės gyvulių veislininkystės priežiūros tarnybos prie Žemės… … Lithuanian dictionary (lietuvių žodynas)

сибсы — sibsai statusas T sritis augalininkystė apibrėžtis Tų pačių tėvų palikuonys, kilę iš skirtingų zigotų (broliai ir seserys) arba iš vienos zigotos (vieno kiaušinėlio dvyniai). atitikmenys: angl. siblings; sibs rus. сибсы … Žemės ūkio augalų selekcijos ir sėklininkystės terminų žodynas

сибсы — (англ. sibs брат или сестра) родные братья и сестры; термин применяется гл. обр. в генетике … Большой медицинский словарь

Сибсы — (англ. sibs) потомки одних родителей, родные братья и сестры. Частота появления какого либо наследственного признака (в т. ч. наследственного заболевания) среди С. позволяет судить о характере наследования данного признака и… … Большая советская энциклопедия

Источник

СИБСЫ

Смотреть что такое «СИБСЫ» в других словарях:

Сибсы — (сиблинги) (англ. sibs, siblings брат или сестра) генетический термин, обозначающий потомков одних родителей. Родные братья и сёстры, но не близнецы. У животных потомки одних и тех же родителей от разных помётов. Частота появления какого либо… … Википедия

СИБСЫ — (англ. sibs) потомки одних родителей, родные братья и сестры. Термин используется в генетике человека и животных … Большой Энциклопедический словарь

СИБСЫ — см. Психогенетика. Большой психологический словарь. М.: Прайм ЕВРОЗНАК. Под ред. Б.Г. Мещерякова, акад. В.П. Зинченко. 2003 … Большая психологическая энциклопедия

Сибсы — * сібсы * sibs or siblings потомки одних и тех же родителей, происходящие из разных зигот (братья и сестры) или из одной (однояйцовые близнецы). Полусибсы особи, у которых общим является только один из родителей. Скрещивание С. между собой… … Генетика. Энциклопедический словарь

сибсы — (англ. sibs), потомки одних родителей, родные братья и сёстры. Термин используется в генетике человека и животных. * * * СИБСЫ СИБСЫ (англ. sibs), потомки одних родителей, родные братья и сестры. Термин используется в генетике человека и животных … Энциклопедический словарь

сибсы — sibsai statusas Aprobuotas sritis veislininkystė apibrėžtis Tų pačių tėvų, bet ne tos pačios vados palikuoniai. atitikmenys: angl. sibs vok. Sibs rus. сибсы pranc. sibs šaltinis Valstybinės gyvulių veislininkystės priežiūros tarnybos prie Žemės… … Lithuanian dictionary (lietuvių žodynas)

сибсы — sibsai statusas T sritis augalininkystė apibrėžtis Tų pačių tėvų palikuonys, kilę iš skirtingų zigotų (broliai ir seserys) arba iš vienos zigotos (vieno kiaušinėlio dvyniai). atitikmenys: angl. siblings; sibs rus. сибсы … Žemės ūkio augalų selekcijos ir sėklininkystės terminų žodynas

сибсы — (англ. sibs брат или сестра) родные братья и сестры; термин применяется гл. обр. в генетике … Большой медицинский словарь

Сибсы — (англ. sibs) потомки одних родителей, родные братья и сестры. Частота появления какого либо наследственного признака (в т. ч. наследственного заболевания) среди С. позволяет судить о характере наследования данного признака и… … Большая советская энциклопедия

Источник

СИБСЫ

Смотреть что такое СИБСЫ в других словарях:

СИБСЫ

(англ. sibs) потомки одних родителей, родные братья и сестры. Частота появления какого-либо наследственного признака (в т. ч. наследственного за. смотреть

СИБСЫ

СИБСЫ (англ. sibs), потомки одних родителей, родные братья и сестры. Ча-стога появления к.-л. наследственного признака (в т. ч. наследственного забол. смотреть

СИБСЫ

СИБСЫ

СИБСЫ

1) Орфографическая запись слова: сибсы2) Ударение в слове: с`ибсы3) Деление слова на слоги (перенос слова): сибсы4) Фонетическая транскрипция слова сиб. смотреть

СИБСЫ

(англ.) – 1. родные братья и сёстры (сокращённое «сиблинги»). Термин используется в психиатрической генетике. Синоним: Сиблинговая группа; 2. в антропологии – группа родственников, состоящая из всех прямых потомков одного человека. Иногда эту группу по мужской линии обозначают термином «род», по женской линии – термином «клан», а по обеим линиям – термином «сиб». смотреть

СИБСЫ

СИБСЫ

(англ. sibs брат или сестра)родные братья и сестры; термин применяется главным образом в генетике.

СИБСЫ

Ударение в слове: с`ибсыУдарение падает на букву: иБезударные гласные в слове: с`ибсы

СИБСЫ

СИБСЫ

СИБСЫ

(англ. sibs), потомки одних родителей, родные братья и сестры. Термин используется в генетике человека и животных.

СИБСЫ

СИБСЫ

СИБСЫ

сибсы (англ. sibs брат или сестра) — родные братья и сестры; термин применяется гл. обр. в генетике.

СИБСЫ

( англ. sibs – брат или сестра). Родные братья и сестры. Термин применяется в психиатрической генетике.

СИБСЫ

(англ. sibs – брат или сестра). Родные братья и сестры. Термин применяется в психиатрической генетике.

СИБСЫ

потомки одних родителей, родные братья и сестры. Термин используется в генетике человека и животных.

СИБСЫ

(англ. sibs брат или сестра) родные братья и сестры; термин применяется гл. обр. в генетике.

Источник

Генетическая предрасположенность к сахарному диабету 1 типа

Биоматериал

Для данного исследования лаборатория принимает следующий биоматериал:

Подготовка к исследованию

Не менее 3 часов после последнего приема пищи. Можно пить воду без газа.

Метод исследования

Cахарный диабет (СД) и его осложнения являются одной из серьезных медико-социальных и экономических проблем современного здравоохранения.

Сахарный диабет I типа встречается в европейской популяции с частотой около 1 на 500 (0,2%), в африканских и азиатских популяциях — реже. Обычно его обнаруживают в детстве или юности, и он вызван аутоиммунным поражением b-клеток поджелудочной железы, вырабатывающих инсулин. У преобладающего большинства больных детей уже в раннем детстве, задолго до развития явных проявлений болезни, вырабатываются многочисленные аутоантитела против ряда эндогенных белков, включая инсулин. При СД 1 типа существует подтверждение роли генетических факторов, однако, их процентное соотношение с вкладом средовых факторов вызывает споры.

Генетика сахарного диабета 1 типа

Гаплотип HLA отвечает только за часть генетического вклада в риск СД 1 типа. Семейные исследования показывают, что, когда сибсы имеют те же гаплотипы МНС класса II, риск болезни составляет приблизительно 17%, что значительно ниже показателя конкордантности у однояйцовых близнецов, равного примерно 40%. Таким образом, в геноме существуют другие гены, также предрасполагающие к развитию СД 1 типа и различающиеся у однояйцовых близнецов и сибсов, имеющих аналогичные условия окружающей среды. Выявлена достоверная ассоциация между риском развития диабета и представленными ниже локусами:

Продукт гена C12ORF30 является компонентом N-ацилтрансферазного комплекса, участвующего в обмене метионина. Также участвует в клеточном цикле: снижение экспрессии гена может привести к процессу гибели клеток. Полиморфизм в данном локусе практически в 2 раза повышает риск развития СД 1 типа.

Продукт гена CLEC16A ассоциирован с развитием сахарного диабета 1 типа, полиморфизм повышает риск развития CД 1 примерно в 1,5 раза.

Полиморфизм rs2544677 ассоциирован c риском развития сахарного диабета 1 типа, повышает риск развития CД 1 примерно в 1,5 раза.

Ген кодирует фермент тирозин-фосфатазу, которая продуцируется в основном лимфоидной тканью и участвует в Т-клеточном сигналинге, подавляя активацию Т-клеток.

Генетические факторы сами по себе, тем не менее, не вызывают СД 1 типа. До получения более полной картины участия генетических и негенетических факторов в развитии СД 1 типа консультирование по оценке риска остается эмпирическим.

Клиническая значимость. Учитывая важность проблемы, постоянно идет поиск новых факторов риска СД, которые дали бы возможность выявлять пациентов из группы риска задолго до формирования заболевания. В этом контексте все большее значение приобретают генетические исследования. Так, выявлены гены, связанные с развитием СД 1 типа. Генетическое тестирование позволит выявить наследственную предрасположенность, провести комплекс мероприятий для предотвращения развития и профилактики опасных осложнений СД 1 типа. В данной панели представлены гены, которые ассоциированы с риском развития СД 1 типа.

ПОКАЗАНИЯ К ИССЛЕДОВАНИЮ:

Для каждого полиморфизма в бланке ответа в графе «Результат» указывается его аллельное состояние: «Гетерозигота» или «Гомозигота».

Пример результата исследования. Генетическая предрасположенность к сахарному диабету 1 типа.

Источник